In un laboratorio segreto della Umbrella Corporation vengono effettuati esperimenti per la creazione di virus da utilizzare come armi biologiche in possibili scenari di guerra. Ma la rottura di una capsula contenente il T-virus fa scattare un sistema di allarme e l'alveare viene sigillato.
Una squadra di soccorso segreta va quindi al luogo, il cui accesso è una villa nella periferia di Raccoon City. Qui trovano Alice, un'impiegata dell'Umbrella Corp. che doveva controllare l'entrata ma che non ricorda nulla del suo passato, vittima di un gas soporifero che l'ha stordita mentre si trovava nella casa.
Il gruppo scende in profondità fino agli ultimi livelli e scopre che l'intero personale di lavoro è morto a causa del computer centrale. Ma proprio quando trovano un laboratorio in cui esseri geneticamente modificati vengono allevati, si imbattono in terrificanti zombie affamati di carne umana.
Questi esseri non sono altro che gli scienziati uccisi ma riportati in vita dal T-virus. Nel tentativo quindi di abbandonare il luogo scoprono alcuni oscuri retroscena della Umbrella Corp. e si imbattono nel diabolico sistema di sicurezza dell'alveare